••• SECUENCIACIÓN Seleccionar el agua de laboratorio adecuada: su secuenciación depende de ello En los laboratorios donde se realiza secuenciación de nueva generación (SNG) son indispensables reactivos de gran calidad. Con el fin de asegurar la calidad y la reproducibilidad, los laboratorios de SNG no escatiman esfuerzos para normalizar kits, protocolos, reactivos y procedimientos. Aun así, un reactivo esencial, pero a menudo pasado por alto en la secuencia de trabajo de la SNG, es el agua, que debe formar parte también de este riguroso esfuerzo de control de la calidad. La calidad del agua tiene un efecto directo sobre la uniformidad y la fiabilidad de los resultados de la secuenciación. Desde la limpieza del sistema hasta el proceso de secuenciación, varias actividades dentro del proceso de trabajo de SNG requieren agua de diferentes niveles de calidad. Conocer los diversos contaminantes del agua y su potencial efecto sobre los resultados de la secuenciación ayudará a los laboratorios a hacer la mejor elección entre la amplia gama de fuentes de agua disponibles para satisfacer sus necesidades específicas. Estelle Riché, Ph D. Científico sénior de Millipore SAS estelle.riche@merckgroup.com Sean P. Kennedy, PhD. Co-Director, MetaGenoPolis NGS platform, MetaQuant, INRA El grado de agua más elevado que suele utilizarse en los laboratorios es la denominada agua «ultrapura» (Figura 1). Debe utilizarse siempre para aplicaciones muy sensibles, entre ellas la preparación de los reactivos y los tampones empleados en la secuenciación. El agua «purificada» puede utilizarse para aplicaciones generales del laboratorio y para enjuague. Efecto de los contaminantes sobre los resultados experimentales El agua puede contener muchos contaminantes: iones (por ejemplo, magnesio, hierro), materia orgánica (por ejemplo, ácidos húmicos), bacterias y subproductos (por ejemplo, nucleasas), partículas y gases. Muchos de esos contaminantes suelen estar presentes solo en pequeñas cantidades, pese a lo cual siguen interfiriendo directamente en el ADN o en las reacciones enzimáticas que se producen durante el proceso de trabajo de la secuenciación. Además, contaminantes como las partículas o las bacterias Figura 1. Principio básico de purificación del agua de laboratorio. 86 SEPTIEMBRE/OCTUBRE15 FARMESPAÑA INDUSTRIAL
Septiembre Octubre 2015
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